Interface Alignable

    • Method Detail

      • getRows

        int getRows()
      • getCols

        int getCols()
      • setAligMat

        void setAligMat​(AligMatEl[][] alignmentMatrix)
      • getGapExtCol

        float getGapExtCol()
      • setGapExtCol

        void setGapExtCol​(float penalty)
      • getGapExtRow

        float getGapExtRow()
      • setGapExtRow

        void setGapExtRow​(float penalty)
      • getGapOpenCol

        float getGapOpenCol()
      • setGapOpenCol

        void setGapOpenCol​(float penalty)
      • getGapOpenRow

        float getGapOpenRow()
      • setGapOpenRow

        void setGapOpenRow​(float penalty)
      • setScore

        void setScore​(float score)
      • getScore

        float getScore()
      • getPathSize

        int getPathSize()
      • setPathSize

        void setPathSize​(int pathSize)
      • setPath

        void setPath​(IndexPair[] path)